Pernah merasa pusing setiap kali DJP merilis pembaruan aplikasi pajak? Kamu tidak sendirian. e-Faktur 3.1 jadi salah satu pembaruan yang bikin banyak Pengusaha Kena Pajak (PKP) garuk-garuk kepala.
Padahal, kalau dipahami pelan-pelan, aplikasi ini justru dirancang untuk meringankan kerja kamu, bukan menambah beban.
Singkatnya begini. e-Faktur 3.1 dirilis DJP untuk menutup beberapa celah yang belum terakomodasi di versi sebelumnya.
Ada penambahan fitur untuk dokumen tambahan, ada juga penyesuaian soal pengkreditan pajak masukan yang ditagihkan lewat ketetapan pajak.
Saya sendiri, yang cukup lama bergelut dengan regulasi perpajakan, melihat pembaruan ini sebagai langkah yang masuk akal.
Kenapa? Karena sistem yang makin terhubung dengan instansi lain seperti Bea dan Cukai akan menutup ruang kesalahan input manual.
Nah, mari kita bedah satu per satu, mulai dari fitur, cara instal, sampai cara pakainya.
Apa Itu e-Faktur 3.1?
e-Faktur 3.1 adalah versi lanjutan dari aplikasi e-Faktur Desktop yang sebelumnya jalan di versi 3.0.
Fungsinya, membuat, mengelola, dan melaporkan faktur pajak elektronik bagi PKP yang masih memakai jalur desktop.
Setiap transaksi kena pajak tercatat secara digital, lalu datanya terhubung ke sistem DJP.
Yang membedakan, versi 3.1 hadir untuk menjawab kebutuhan integrasi data antarlembaga yang makin mendesak waktu itu.
Salah satu buktinya, aplikasi ini memfasilitasi prepopulated dokumen BC 4.0 untuk pemasukan barang ke Kawasan Berikat, sesuai Pasal 21 Ayat 5 Peraturan Menteri Keuangan Nomor 65/PMK.04/2021 tentang Perubahan atas PMK Nomor 131/PMK.04/2018 tentang Kawasan Berikat.
Nah, ada satu perkembangan penting yang wajib kamu tahu.
Sejak Coretax DJP resmi jadi sistem administrasi perpajakan utama pada 2025, kedudukan e-Faktur Desktop ikut bergeser.
Berdasarkan Keputusan Dirjen Pajak Nomor KEP-54/PJ/2025 dan Pengumuman Nomor PENG-13/PJ.09/2025, e-Faktur Desktop, termasuk versi 3.1, kini hanya jadi kanal opsional untuk menerbitkan Faktur Pajak Keluaran.
Sementara itu, urusan pengkreditan pajak masukan, pembatalan faktur, dan pelaporan SPT Masa PPN tetap wajib lewat Coretax.
Baca Juga: Login e-Faktur Web Based DJP, Ini Cara dan Langkah Lengkapnya
Fitur Unggulan e-Faktur 3.1
DJP tidak asal merilis pembaruan ini.
Ada sejumlah fitur baru yang sengaja dihadirkan untuk menambal kekurangan versi lama. Berikut rangkumannya:
- Input dokumen PMSE.
Kamu bisa langsung memasukkan dokumen dari transaksi perdagangan melalui sistem elektronik ke dalam aplikasi. - Pengkreditan pajak masukan dengan SKP.
Fitur ini memudahkan pengkreditan pajak masukan yang ditagihkan lewat surat ketetapan pajak. - Prepopulated BC 4.0.
Data pemasukan barang kena pajak otomatis terisi berkat sinkronisasi dengan Bea dan Cukai. - Stabilitas sistem yang lebih baik.
Beberapa kendala teknis yang sempat mengganggu performa versi sebelumnya turut dibenahi.
Gabungan fitur-fitur itu membuat urusan administrasi pajak jauh lebih ringkas.
Kamu pun tidak perlu lagi mengandalkan input manual untuk beberapa jenis dokumen tertentu.
Hasilnya, risiko salah catat bisa ditekan cukup jauh.

Cara Instal e-Faktur 3.1
Sebelum mulai instalasi, pastikan dulu kamu sudah punya sertifikat elektronik dan koneksi internet yang stabil.
Sebenarnya, proses instal e-Faktur 3.1 cukup mudah asal urutannya benar. Ikuti langkah berikut:
- Backup database lama.
Salin dulu database dari e-Faktur versi lama yang masih kamu butuhkan, sebelum proses pembaruan dimulai. - Unduh patch aplikasi.
Ambil patch update e-Faktur 3.1 lewat laman resmi efaktur.pajak.go.id/aplikasi. - Sesuaikan sistem operasi.
Pilih patch yang cocok dengan sistem operasi komputer kamu, entah itu Windows, Linux, atau macOS. - Ekstrak file patch.
Ekstrak file zip-nya, lalu salin folder aplikasi hasil ekstrak ke direktori e-Faktur sebelumnya. - Pindahkan database lama.
Masukkan folder database yang tadi sudah dibackup ke folder aplikasi e-Faktur 3.1 yang baru. - Jalankan aplikasinya.
Buka aplikasi, lalu cek apakah data lama sudah tersinkronisasi dengan benar.
Setelah instalasi kelar, jangan buru-buru menutup aplikasi. Periksa dulu apakah fitur prepopulated sudah aktif.
Dengan begitu, kamu bisa memastikan semuanya berjalan mulus sebelum dipakai untuk transaksi harian.
Cara Menggunakan e-Faktur 3.1
Setelah aplikasi terpasang, saatnya memahami cara pakainya sehari-hari. Tenang, alur kerjanya tidak jauh beda dari versi sebelumnya.
Hanya ada beberapa menu tambahan yang perlu kamu kenali.
Membuat Faktur Pajak Keluaran
Untuk bikin faktur pajak keluaran, kamu tinggal buka menu “Faktur”, lalu isi data lawan transaksi, nomor faktur, dan nilai transaksinya.
Setelah data divalidasi, sistem akan menerbitkan faktur pajak secara otomatis.
Mengelola Pajak Masukan
Di bagian pajak masukan, manfaatkan fitur prepopulated semaksimal mungkin. Data akan terisi otomatis berdasarkan faktur yang diterbitkan lawan transaksi kamu.
Jadi, kamu cukup melakukan konfirmasi saja, tanpa perlu mengetik ulang dari nol.
Melaporkan SPT Masa PPN
Terakhir, gunakan menu pelaporan untuk mengirimkan SPT Masa PPN.
Pastikan seluruh dokumen pendukung, termasuk faktur PMSE dan BC 4.0, sudah terekam dengan rapi sebelum kamu kirim laporannya.
FAQ Seputar e-Faktur 3.1
1. Apakah e-Faktur 3.0 masih bisa dipakai?
Untuk jalur desktop, versi 3.0 sudah digantikan oleh 3.1 sejak awal 2022. Tapi ingat, sejak 2025 status e-Faktur Desktop sendiri sudah berubah. Aplikasi ini kini sifatnya opsional, sebab Coretax DJP sudah jadi sistem utama untuk hampir seluruh proses administrasi PPN.
2. Apakah instalasi e-Faktur 3.1 bikin data lama hilang?
Tidak, selama proses backup database dilakukan dengan benar sebelum instalasi. Data faktur lama tetap tersimpan dan bisa dipakai kembali.
3. Di mana tempat resmi mengunduh e-Faktur 3.1?
Unduh hanya lewat situs resmi DJP di efaktur.pajak.go.id. Hindari sumber tidak resmi karena berisiko dari sisi keamanan data.

Kesimpulan
e-Faktur 3.1 sempat jadi andalan PKP untuk mengurus administrasi pajak sehari-hari, lewat fitur input dokumen PMSE, pengkreditan pajak masukan dengan SKP, sampai prepopulated BC 4.0.
Tapi situasinya sudah berubah. Sejak Coretax DJP jadi sistem utama, e-Faktur Desktop, termasuk versi 3.1, kini cuma berperan sebagai kanal opsional untuk menerbitkan faktur pajak keluaran.
Sebagai orang yang menekuni hukum pajak, saya menilai PKP tetap perlu memahami dua sistem ini sekaligus, supaya tidak salah langkah saat lapor SPT Masa PPN atau mengkreditkan pajak masukan.
Satu hal lagi yang perlu kamu perhatikan. Aplikasi e-Faktur Desktop saat ini masih memakai tarif PPN lama sebesar 11 persen. Jadi, kalau kamu memilih tetap memakainya, pastikan penyesuaian tarif dilakukan secara manual supaya laporan tetap sesuai ketentuan yang berlaku.
Jangan tunda untuk memastikan aplikasi kamu, baik e-Faktur Desktop maupun akun Coretax, sudah siap dipakai kapan pun dibutuhkan.
Namun, kalau kamu masih ragu soal kewajiban mana yang harus lewat Coretax dan mana yang masih bisa lewat e-Faktur Desktop, jangan ragu untuk berkonsultasi.
Klik poster yang tersedia, atau langsung tekan tombol “KONSULTASI GRATIS” di pojok kanan website ini. Tim kami siap bantu kamu menyelesaikan persoalan pajak dengan tepat dan sesuai aturan.
Baca Juga: Kode Faktur Pajak: Jenis, Struktur, dan Cara Membacanya
Ringkasan
- e-Faktur 3.1 merupakan pembaruan resmi dari DJP untuk melengkapi fitur e-Faktur 3.0.
- Fitur utamanya mencakup input dokumen PMSE, pengkreditan pajak masukan dengan SKP, dan prepopulated BC 4.0.
- Dasar hukum fitur BC 4.0 tercantum dalam Pasal 21 Ayat 5 PMK Nomor 65/PMK.04/2021 tentang Kawasan Berikat.
- Backup database wajib dilakukan sebelum instalasi, supaya data lama tidak hilang.
- Patch aplikasi hanya boleh diunduh dari situs resmi efaktur.pajak.go.id.
- Fitur prepopulated membantu menekan risiko kesalahan input data secara manual.
- Sejak 2025, Coretax DJP menjadi sistem administrasi pajak utama, dan e-Faktur Desktop kini bersifat opsional sesuai KEP-54/PJ/2025.
- e-Faktur Desktop saat ini masih memakai tarif PPN lama 11 persen, sehingga perlu penyesuaian manual.
Referensi
- Direktorat Jenderal Pajak. Ketentuan dan Panduan Resmi Aplikasi e-Faktur. efaktur.pajak.go.id
- Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 65/PMK.04/2021 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Keuangan Nomor 131/PMK.04/2018 tentang Kawasan Berikat.
- Direktorat Jenderal Pajak. Aplikasi e-Faktur 3.0, Terobosan DJP Hadirkan Fitur Baru. pajak.go.id
- Direktorat Jenderal Pajak. e-Faktur Desktop Kembali Bisa Digunakan, Apa yang Harus Diperhatikan?. pajak.go.id
- Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-54/PJ/2025 tentang Penetapan Pengusaha Kena Pajak Tertentu.
- Kementerian Keuangan Republik Indonesia. Portal





